基本的にはエンジンの付いたボートやヨットを操船する場合はボート免許が必要です。ただし、エンジンつきのボートでも、長さ3m未満、エンジン出力1.5kw（約2.04馬力）未満のものを操船する場合には免許は必要ありません。
※ プロペラガード等の安全設備が必要

（財）日本船舶職員養成協会などが国土交通省から認可を受けて講習を行っており、学科や実技の講習を規定時間（2級小型船舶操縦士課程では学科12時間、実技12時間）を受けて修了審査に合格すれば国家試験が免除されます。ただし、修了審査の内容は国家試験と同等の内容で、審査に不合格になる場合もございます。国家試験コースに比べ時間と費用がかかります。１級：147,620円、２級：123,750円、特殊：73,750円（平成23年4月現在）

小型船舶操縦免許は終身免許ですが、免許証は5年ごとの更新が必要です。更新申請期間は有効期限前の1年間からでき、指定講習機関で2時間程度の講習を受講すれば、新しい免許が交付されます。更新期間が過ぎてしまった場合でも失効再交付講習を受ければ免許が交付されますが、講習費用や高くなり講習時間も長くなります。また、本籍地の県名や住所や名前など記載変更がある場合には訂正申請が必要になります。更新・失効再交付・訂正申請は本人または国家資格者である海事代理士による申請となります。詳しくはこちらで。